近年來，阿爾金山國家級自然保護區管理局持續同科研院所合作，運用無人機、紅外相機，采用巡護樣線統計等方法，對藏羚羊、野牦牛、藏野驢三大高原珍稀有蹄類野生動物種群數量進行監測。監測數據表明，截至今年4月，同10年前相比，藏羚羊由4.3萬只增加至4.95萬只，野牦牛由0.9萬頭增加至1.2萬頭，藏野驢由3.8萬頭增加至5萬余頭。保護區三大高原珍稀有蹄類野生動物數量大幅增長。

在阿爾金山國家級自然保護區，三大高原珍稀有蹄類野生動物適宜棲息地面積2.53萬平方公里。除藏羚羊、野牦牛和藏野驢外，保護區還有雪豹、黑頸鶴等野生動物338種，其中：國家一級重點保護野生動物17種，國家二級重點保護野生動物31種。