芒康滇金絲猴國家級自然保護區總面積18.53萬公頃，2003年1月經國務院批準為國家級自然保護區，累計投入建設資金4063.89萬元分三期實施。類烏齊馬鹿國家級自然保護區總面積120614.6公頃，2005年7月經國務院正式批準建立為國家級自然保護區，累計投入建設資金7438萬元分四期實施。截至目前，昌都市芒康滇金絲猴國家級自然保護區三期工程和類烏齊馬鹿國家級自然保護區四期工程均已完工，正開展竣工驗收工作。

通過完善保護區管理機構，建設保護與恢復工程、科研與監測工程、宣傳與教育工程、基礎設施及附屬工程，初步形成保護為主、宣教結合、防控和發展于一體的多功能保護區，積極促進了人與自然和諧發展，有效保護區內馬鹿、滇金絲猴、白唇鹿、雪豹、藏雪雞等珍惜瀕危野生動物及高原生態環境。