真菌繁殖體是真菌分類的重要依據。在潔凈的載玻片上滴一滴無菌水（過多易污染顯微鏡），用挑針挑取少許目的物置于水滴中用一潔凈的蓋玻片蓋上，避免產生過多氣泡，顯微鏡下觀察，即能看到病原真菌的形態。常見的病原真菌形態有以下幾種：

桃縮葉病Taphrina deformans 裸生孢子囊柄銹菌屬Puccinia是常見的禾本科銹病病原物，冬孢子棍棒狀，雙細胞有柄，黃褐色，頂部細胞壁厚，平鈍。

柵銹屬Melampsora是常見的楊柳銹病病原物，夏孢子堆有包被，易失，葉背黃色粉堆。夏孢子單生，桔黃色，有柄，圓形或橢圓，表面有刺。冬孢子堆生于寄主表皮下，上、下表皮都有。冬孢子單層，單胞，棱柱形或橢圓形，無柄。

楊樹腐爛病的病原物屬于Valsa sordida子囊菌亞門，球殼菌目，黑腐皮殼屬。子囊殼，燒瓶狀，整個埋入子座中，有長頸伸出子座頂部。子囊棍棒形，中部略膨大，子囊孢子單細胞，香腸或香蕉形。

梨黑星病的病原物屬于子囊菌亞門，腔菌綱Loculoascomycetes，格孢菌目 Pleosporales，黑星菌屬Venturia pirina，子囊座（假囊殼）球形，初內生，后期突破表皮而外露。上部有少數剛毛，子囊雙膜，內含8個子囊孢子，孢子雙胞，一般上大下小。