哈巴湖國家級自然保護區濕地主要劃分為四類（河流、湖泊、沼澤、人工）5型（季節性河流、季節性咸水湖、內陸鹽沼、季節性咸水沼澤、庫塘）。濕地面積10720.88 公頃，占保護區總面積的12.76％，其中河流濕地201.99公頃，湖泊濕地3124.29公頃，沼澤濕地7224.60公頃，人工濕地170公頃。主要有花馬湖濕地、哈巴湖濕地、鐵柱泉濕地、茍池西畔濕地、八字洼硝池灘濕地、二道湖濕地等。